Dockerfile описывает, как собрать образ, а не как управлять конкретным запущенным контейнером. Например, docker build использует Dockerfile для создания образа, а уже из этого образа запускают контейнер.
Dockerfile — это текстовый файл с инструкциями, по которым Docker собирает образ контейнера. Основные инструкции: FROM — базовый образ, RUN — выполнить команду при сборке, COPY/ADD — добавить файлы, WORKDIR — рабочая директория, ENV — переменные окружения, EXPOSE — указать порт приложения, CMD и ENTRYPOINT — определить команду запуска контейнера.
Dockerfile — это файл с настройками уже запущенного контейнера.